Í kennsluleiðbeiningum, sem spila stórt hlutverk í kennslu Stærðfræðispæjara 3, eru hugmyndir að innlögn kennara og þjálfun nemenda áður en komið er að verkefnavinnu í bókinni. Hugmyndir að útfærslum á nýjum verkefnagerðum, spæjarabók og af borði á gólf eru í kennsluleiðbeiningum. Í kaflanum meira og fleira eru verkefni sem þjálfa lykilhæfni og samþættingu við námsgreinar eins og upplýsingatækni, útikennslu, íslensku, skapandi verkefni, hreyfingu og leiki.